Otro aspecto importante es la existencia de 63 géneros endémicos, la mayoría monotípicos. La flora de Cuba incluye varios linajes ancestrales, entre los que se destacan Leugenbergia zinniflora, un cactus arbóreo endémico de Cuba. Además se pueden encontrar especies únicas como Pinguicula lignicola y Pinguicula jackii (Lentibulariaceae), plantas insectivoras epífitas y rupícolas, respectivamente, mientras el resto de las especies de la familia crecen en suelos pobres en nutrientes. Dentro de la región del Caribe, Cuba es reconocida por ser un importante centro de diversificación y radiación, lo cual ha influido en los altos valores de riqueza y endemismo. Uno de los ejemplos más relevantes son los géneros Buxus (Buxaceae), Copernicia (Arecaceae), Coccothrinax (Arecaceae), Leptocereus (Cactaceae), Roystonea (Arecaceae) and Antillanthus (Asteraceae). El alto grado de endemismo, local y regional, así como la condición de isla, hace que la flora de Cuba sea altamente vulnerable a las diferentes presiones ambientales y antrópicas. En la actualidad, cerca del 80 % de la flora nativa presente en Cuba ha sido evaluada, de las cuales más del 40% es preocupante por su estado de conservación, siendo la mayoría especies exclusivas.